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人類基因組遠(yuǎn)比基因更復(fù)雜
  • 發(fā)布日期：2012-09-11      瀏覽次數(shù)：1584
      • 　　由美國人類基因組研究所資助的一個規(guī)模巨大的性項(xiàng)目，稱為DNA元素百科全書（ENCODE），9月5日，有6篇論文在《自然》、24篇論文在《基因組研究和基因組生物學(xué)》、2篇論文在《科學(xué)》發(fā)表。32個機(jī)構(gòu)和442個研究人員，參加了這個項(xiàng)目的研究。該項(xiàng)目發(fā)現(xiàn)：人類基因組DNA，包括略少于21000個蛋白質(zhì)編碼基因，8800個小RNA分子，9600個長非編碼RNA分子，11224個假基因。只有不到3%的基因組的基因，能夠編碼蛋白質(zhì)。約有80%的基因組是具有生物活性的?；蚪MDNA的76%轉(zhuǎn)錄成多種RNA。部分堿基，轉(zhuǎn)變成RNA鏈，執(zhí)行基因調(diào)控等功能。許多堿基在人類生物學(xué)中起作用，如有助于決定一個基因的起動和終止。許多堿基僅落在化學(xué)修飾的位置，成為染色體的一些沉默片段。絕大多數(shù)堿基，沒有什么用處。400萬個位點(diǎn)是控制基因活性的開關(guān)，給每一類型細(xì)胞以*的基因組標(biāo)識。創(chuàng)建的ENCODE圖譜，可以放大查看自染色體到單個堿基和開關(guān)，那些堿基是否產(chǎn)生RNA，或是在哪些地方與DNA調(diào)控蛋白相結(jié)合。一些科學(xué)家，正在利用ENCODE的信息于多種疾病和表觀遺傳學(xué)的研究。ENCODE的研究結(jié)果，將改變?nèi)藗儗θ祟惢蚪M的思維方式
      　　
      　　伊利莎白·派尼茜（ElizabethPennisi），美國科學(xué)促進(jìn)協(xié)會，2012年9月5日
      　　
      　　一個規(guī)模巨大的項(xiàng)目已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，人類基因組——1個人遺傳信息的總和——在學(xué)校學(xué)習(xí)的青少年的基因組，含有比編碼蛋白質(zhì)的基因多得多的遺傳信息。20世紀(jì)90年代后期，研究人員決定對人類基因組進(jìn)行序列測定，那時，他們專注于發(fā)現(xiàn)那些傳統(tǒng)意義上的基因，以便鑒定出生命必須的全部蛋白質(zhì)。每一個基因，被認(rèn)為是一個離散的DNA片段；它的DNA堿基的順序——大家所熟悉的“字母”分子是構(gòu)建DNA片段的元素——認(rèn)為是用于編碼一種特定的蛋白質(zhì)。但是，破譯人類基因組的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)，令他們驚訝的是，只有不到3%基因組的基因，能夠編碼蛋白質(zhì)。其中，其他的數(shù)十億堿基，幾乎是沒有用處的。
      　　
      　　現(xiàn)在，一個美資項(xiàng)目，稱為DNA元素百科全書（ENCODE），不管怎么說，他們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多堿基，在人類生物學(xué)中起著作用：例如，它們有助于決定一個基因的啟動和終止。例如，它可以調(diào)節(jié)一個腎細(xì)胞或另一個腦細(xì)胞。耶魯大學(xué)的生物信息學(xué)家馬克·格斯坦（MarkGerstein）說：“基因組遠(yuǎn)比基因更復(fù)雜。”
      　　
      　　來自這個項(xiàng)目的真知灼見，有助于研究人員了解疾病和遺傳之間的關(guān)系。位于英國辛克斯頓的歐洲生物信息學(xué)研究所的生物信息學(xué)家伊萬·伯尼（EwanBirney）說：“我們正被告知研究疾病的一種方法，除此之外，這將是非常困難的。”
      　　
      　　作為ENCODE的組成部分，32個機(jī)構(gòu)做計(jì)算機(jī)分析、生化測試和142個細(xì)胞類型的測序研究——6個是相當(dāng)廣泛地——找出30億個堿基中的每一個堿基的功能。ENCODE的442個研究人員，今天（2012年9月5日）在《自然》雜志報告，約有80%的基因組是具有生化活性的。其他的堿基，轉(zhuǎn)變成RNA鏈，執(zhí)行它們自己的功能，例如基因調(diào)控。（RNA通常被認(rèn)作有助于制造蛋白質(zhì)的起中介作用的信使分子，但ENCODE指出，更多的RNA是一種終端產(chǎn)品，并不用于制造蛋白質(zhì)。）而許多堿基僅僅落在化學(xué)修飾的位置，用作我們?nèi)旧w的一些沉默片段。
      　　
      　　科學(xué)家們關(guān)于基因的認(rèn)識，在ENCODE的結(jié)果中，是如何不斷變化的。該項(xiàng)目發(fā)現(xiàn)，約有基因組DNA的76%，被轉(zhuǎn)錄成一種或另一種樣子的RNA，比研究人員原初預(yù)計(jì)的更多。人類基因組DNA包括，略少于21000個蛋白質(zhì)編碼基因（一些研究人員曾經(jīng)估計(jì)我們有超過10萬個這樣的基因）；8800個小RNA分子和9600個長非編碼RNA分子，這些“基因”中的每一個至少有200個堿基的長度；以及11224個DNA片段被歸類為假基因，目前已知這種“不運(yùn)行”的基因，在某些類型細(xì)胞或單個細(xì)胞中，事實(shí)上是具有活性的。此外，定義這些基因的起始端和編碼區(qū)的努力，顯示了這些基因可以重疊，并有多個起始端和終末端。
      　　
      　　該項(xiàng)目在我們的DNA中，發(fā)現(xiàn)了400萬個位點(diǎn)，作為控制基因活性的開關(guān)。這些開關(guān)離基因既可以遠(yuǎn)也可以近，它們在不同類型細(xì)胞的不同組合中，調(diào)節(jié)和發(fā)揮作用，給每一類型細(xì)胞以*的基因組標(biāo)識。此外，至少由基因組產(chǎn)生的一些RNA鏈，也有助于控制由特定基因活動產(chǎn)生的幾個蛋白質(zhì)。因此，基因的調(diào)控，不斷證明要比曾經(jīng)預(yù)期的復(fù)雜得多。
      　　
      　　這些和其他的研究結(jié)果，今天有6篇論文發(fā)表在《自然》，以及有24篇論文發(fā)表在《基因組研究和基因組生物學(xué)》。另外的2篇論文在線發(fā)表于今天的《科學(xué)》。在一個數(shù)據(jù)庫中，ENCODE創(chuàng)建了一份圖譜，顯示出所有不同堿基所起的作用。位于馬里蘭州貝塞斯達(dá)的資助ENCODE的國家人類基因組研究所的一個項(xiàng)目主管，愛麗絲·法因戈?duì)柕拢‥liseFeingold）說：“對人類基因組來說，這份圖譜好像谷歌地圖一樣。”人們可以在谷歌地圖上，選擇不同的視圖，來觀察地球表面某一景觀的不同方面。同樣，在這份ENCODE圖譜中，例如，人們可以放大自染色體水平到單個堿基和開關(guān)，來查看那些堿基是否產(chǎn)生RNA，或是在那些地方與DNA調(diào)控蛋白相結(jié)合。
      　　
      　　位于西雅圖的華盛頓大學(xué)的一個ENCODE研究人員約翰·A.斯泰馬圖延那泡勒斯（JohnA.Stamatoyannopoulos）說，這份圖譜的目錄“將改變?nèi)藗冴P(guān)于對這個人類基因組的思維方式和其實(shí)際的應(yīng)用。”
      　　
      　　他和其他的一些人，正在利用這種信息——這種信息中的許多已公開地可以利用——用以了解關(guān)于遺傳對疾病的影響。許多大型的研究，已發(fā)現(xiàn)一些特定的堿基，與自糖尿病到關(guān)節(jié)炎范圍內(nèi)疾病的較高或較低風(fēng)險有關(guān)聯(lián)?，F(xiàn)在，研究人員可注意觀察那些變異，是否涉及某些種類的調(diào)控，如果是這樣的話，是哪些基因受到了調(diào)控。與ENCODE沒有關(guān)聯(lián)的加拿大多倫多大學(xué)分子生物學(xué)家馬修·拉品茵（MathieuLupien）說，對他的癌癥和表觀遺傳學(xué)的研究而言，“ENCODE的數(shù)據(jù)是十分重要的。”